Misja uczelni nawiązuje do ideałów jej patrona, wielkiego myśliciela epoki Renesansu, Andrzeja Frycza Modrzewskiego. Jest zatem przejawem dążeń do naprawy Rzeczypospolitej w sferze:

• struktur i funkcjonowania państwa oraz społeczeństwa (prawo, administracja, politologia),
• zarządzania gospodarką i rozwojem (zarządzanie, marketing),
• współpracy z zagranicą, budowy zjednoczonej, wolnej od nacjonalizmów i fobii Europy oraz tworzenia nowoczesnego społeczeństwa, kooperującego  z przodującymi technologicznie i organizacyjnie państwami Ameryki Północnej (stosunki międzynarodowe),
• kształtowania warunków sprzyjających wychowaniu i samorealizacji jednostki ludzkiej w jej naturalnym i najbliższym środowisku rodzinnym (nauki o rodzinie),
• kultury i sztuki użytkowej, urbanistyki (architektura i urbanistyka, malarstwo),
• kształtowania prozawodowego, nastawienia emocjonalno-motywacyjnego i umiejętności skutecznego działania (pedagogika),
• funkcjonowania instytucji i struktur życia społecznego poprzez umiejętność rozstrzygania różnorodnych problemów społecznych, sytuacji konfliktowych (socjologia),
• kultury audiowizualnej, w jej socjologicznym, antropologicznym, historycznym i estetycznym aspekcie (kulturoznawstwo),
• szkolnictwa w zakresie nauczania języka angielskiego na wszystkich poziomach zaawansowania (filologia angielska),
• usług doradczych, związanych z optymalizacją procesów biznesowych, zabezpieczenia systemów informatycznych oraz kontroli wykorzystywania technik komputerowych w procesach biznesowych (informatyka i ekonometria),
• rozumienia współczesnych mechanizmów rozwoju i narzędzi, służących kształtowaniu elementów przestrzeni (miasta, regionu), identyfikowania i rozumienia współczesnych struktur osadniczych (gospodarka przestrzenna),
• zapewnienia wysokiego poziomu zdolności obronnej państwa (bezpieczeństwo narodowe),
• ochrony zdrowia (pielęgniarstwo)

Ponadto misja Krakowskiej Akademii im. Andrzeja Frycza Modrzewskiego obejmuje działania edukacyjne naukowo-badawcze zorientowane na odpowiednie do współczesnych wyzwań uwarunkowań, zwłaszcza postępu technologicznego i rozwoju ekonomicznego, formowanie osobowości jednostki, relacji międzygrupowych i integracji społecznej, pomimo odmienności i zróżnicowań występujących w pluralizmie, budowanie społeczeństwa opartego na wiedzy i racjonalnie zarządzanej gospodarki opartej również na wiedzy.

Wśród działań tych szczególne znaczenie ma:

• kształtowanie prozawodowe osobowości człowieka, jego sfery emocjonalno-motywacyjnej przygotowującej do życia w złożonej strukturalnie zbiorowości  i nauczanie poszukiwania dróg i sposobów osiągania wyznaczonych celów (pedagogika),
• nauczenie rozumienia funkcjonowania instytucji i grup społecznych w wielu ich aspektach i wzajemnych relacjach (socjologia),
• poznawanie historycznych i społeczno-ekonomicznych uwarunkowań, tworzenia się kultur, poszanowania ich dorobku i wartości pomimo ich odmienności (kulturoznawstwo),
• poszerzanie znajomości języka angielskiego i innych języków obcych służących porozumieniu między narodami (anglistyka, lektoraty również z innych języków obcych),
• nauczanie posługiwania się metodami informatycznymi dla zwiększenie efektywności funkcjonowania gospodarki i osiągania w niej optymalnych rezultatów (informatyka i ekonometria, informatyka na wszystkich kierunkach jako przedmiot obowiązkowy)     

Pozornie tak odległe od siebie kierunki kształcenia tworzą w Krakowskiej Akademii im. Andrzeja Frycza Modrzewskiego zintegrowany model nowoczesnej, odpowiadającej społecznemu zapotrzebowaniu i wyzwaniom współczesnej uczelni. 

Fakt połączenia w jednej szkole wyższej kierunków, które prowadzone są zwykle w kilku uczelniach, stosunkowo niskie czesne oraz różne formy ułatwień i pomocy o charakterze finansowym, czynią z niej wszechnicę nie tylko wiedzy i umiejętności, które zdobywa każdy studiujący, ale także wszechnicę – rozumianą, jako uczelnię dostępną dla wszystkich legitymujących się odpowiednim przygotowaniem i uzdolnieniami.

.

Krakowska Akademia im. Andrzeja Frycza Modrzewskiego utworzona została na początku nowego tysiąclecia, nie jako uczelnia mogąca funkcjonować jedynie na marginesie życia akademickiego Krakowa, ale jako uczelnia pragnąca sytuować się w samym jego centrum, łącząca wspólnym przedsięwzięciem naukowców różnych krakowskich uczelni, tworząca wraz ze studentami w niej się kształcącymi blisko dziewiętnastotysięczną wspólnotę akademicką. 

Wspólnota ta ułatwiać powinna integrację środowiskową, która w sposób nieunikniony objąć powinna wszystkie nowoczesne kierunki kształcenia w Krakowie, po to aby środowisko to było w stanie sprostać narastającej międzynarodowej konkurencji na rynku edukacyjnym.

Założyciele Krakowskiej Akademii im. Andrzeja Frycza Modrzewskiego przez sam fakt jej powstania i dynamiczny rozwój, stworzyli nową sytuację w środowisku akademickim Krakowa. Zapoczątkowali procesy wielostronnie korzystnych przemian odpowiadających zapotrzebowaniom i oczekiwaniom społecznym.Misja Krakowskiej Akademii im. Andrzeja Frycza Modrzewskiego obejmuje nie tylko jej rozwój horyzontalny poprzez tworzenie nowych kierunków.

Misja Krakowskiej Akademii rozciąga się również, co warto podkreślić, na jej rozwój wertykalny. Nauczyciele akademiccy naszej uczelni, wspólnie z jej studentami i absolwentami będą prowadzić w środowiskach pozauczelnianych, obejmujących również współpracę ze środowiskami zagranicznymi, działalność na rzecz porozumienia między narodami, wymiany doświadczeń, wiedzy i umiejętności specjalistycznych, kooperacji w różnych formach, służących podejmowaniu wspólnych inicjatyw i przedsięwzięć w sferze wychowania, edukacji, organizacji, gospodarki i międzykulturowej integracji.