Patronem Krakowskiej Akademii jest Andrzej Frycz Modrzewski (1503-1572), jeden z najwybitniejszych przedstawicieli myśli społeczno-politycznej polskiego Odrodzenia.  Żył on w "złotym wieku" kultury polskiej. Był jednym z tych, którzy rozsławiali imię naszego kraju. Z polecenia Zygmunta Starego wyruszył jako sekretarz do Europy, by z bliska przyjrzeć się organizacji i funkcjonowaniu państw europejskich.

Swoje przemyślenia spisał w obszernym dziele "O naprawie Rzeczypospolitej". Przemyślenia Modrzewskiego nie napawały optymizmem. Mimo iż kultura Polska kwitła, autor nie szczędził krytyki. Dostrzegł potrzebę wzmocnienia władzy królewskiej, przedstawił projekty zreformowania obrony granic i zmian w szkolnictwie. Domagał się równych praw i kar dla wszystkich, niezależnie od pozycji społecznej. Był gorącym rzecznikiem pokoju między narodami, ostro sprzeciwiał się wojnom zaborczym.

Wiele jego poglądów wyprzedziło epokę, niektóre są wciąż zaskakująco aktualne. Pierwsze wydanie dzieła, które tak rozsławiło królewskiego sekretarza, nie ukazało się w całości. Władze kościelne zezwoliły na druk pod warunkiem usunięcia rozdziałów, w których znalazły się krytyczne uwagi dotyczące duchowieństwa. Modrzewski nie omieszkał skrytykować duchownych za posiadanie ogromnych majątków. Pełne wydanie "O naprawie Rzeczypospolitej" ukazało się za granicą w tłumaczeniu niemieckim. Dzieło spotkało się z dużym zainteresowaniem i było szeroko komentowane.