Projekt nowelizacji nie zmienia sytuacji uczelni niepublicznych w kwestii finansowania ze środków publicznych. Rektorzy szkół uważają, że brak środków „idących za studentem” oraz konieczność płacenia czesnego za naukę w szkołach niepublicznych, zaprzeczają konstytucyjnej zasadzie równego dostępu do edukacji i zmniejszają konkurencyjność tych uczelni. Przypomnijmy, że w uczelniach niepublicznych kształci się jedna trzecia wszystkich studentów uczelni wyższych.
Kolejne wątpliwości wynikają ze zmian w systemie przyznawania stypendiów oraz pobierania niektórych opłat od studentów.
Rektorów niepokoi też bardzo szybkie tempo prac nad nowelizacją.
Wśród osób, które oprotestowały projekt znajduje się Rektor Krakowskiej Akademii prof. dr hab. Jerzy Malec, który jest Honorowym Przewodniczącym Konferencji Rektorów Zawodowych Szkół Polskich.